巨野職業中等專業學校開設計算機應用、機電技術應用、農業機械使用與維護、建筑工程、電子商務、學前教育、化工工藝、汽車制造與檢修、財會、無人機、航空服務等十一個專業，其中計算機應用、機電技術應用、化工工藝專業是市級教學示范專業，機電技術應用是省級品牌專業。汽車制造與檢修專業正在積極申報省級品牌專業。
機電技術應用專業
培養方向：培養機電技術應用的操作人員與機電產品營銷人員。
培養模式：1.職教高考升學班；2.“三二連讀”培養班（濟寧職業技術學院）；3.校校聯合辦學班——港口班（山東港口工程高級技工學校）；4.校企聯合辦學班——海爾班（青島海爾集團）；5.五年制高級技工班——數控加工（數控車工）
計算機應用專業
培養方向：培養從事計算機及相關設備的調試、使用、維護、管理、銷售的工作人員。
培養模式：1.職教高考升學班；2.校企合作辦學班；3.五年制高級技工班——計算機應用與維修。
建筑工程施工專業
培養方向：本專業培養建筑工程施工的操作與管理人員。
培養模式：1.職教高考升學班；2.三二連讀培養班（濟寧職業技術學院）。
汽車制造與檢測專業
培養方向：培養能夠勝任生產、服務、管理一線工作的高素質勞動者和技術技能人才。
培養模式：1.職教高考升學班；2.校企合作辦學班；3.五年制高級技工班——汽車裝飾與美容。
電子商務專業
培養方向：掌握產品宣傳、銷售、售后服務一線所需的各種電子商務技能，具有電子商務中職層次的高素質高級技能型專門人才。
培養模式：1.職教高考升學班；2.校企合作辦學班；3.五年制高級技工班——計算機應用與維修。
幼兒保育專業
培養方向：本專業培養面向幼兒園及早教機構幼兒園教師及保教人員。
培養模式：1.職教高考升學班；2.就業班。
航空服務專業
培養方向：培養具有扎實的文化基礎知識和初步的航空服務英語語言能力和空中乘務、地勤服務等初步專業知識的技能型人才。
培養模式：校校合作辦學班——3+3（河北領航航空專修學院）。
會計事務專業
培養方向：培養具有扎實的文化基礎知識和理論技能的會計核算人員。
培養模式：職教高考升學班。
增材制造技術應用專業
培養方向：能從事機電一體化產品的生產、測試和數控設備的編程、操作、3D建模、3D打印機現場技術工作等方面的應用型人才。
培養模式：校企合作辦學班。
無人機操控與維護專業
培養方向：本專業培養無人機制造、操控，維修維護人員和營銷人員。
培養模式：校企合作辦學班。
高星級飯店運營與管理專業
培養方向:從事飯店前廳、客房、餐廳、銷售等部門的服務運營與管理工作的高素質勞動者和技能型人才。
培養模式：校企合作辦學班——（藍海酒店集團）。
中餐烹飪專業
培養方向：培養從事中式烹調、中式面點操作和營養餐設計等一線工作的高素質勞動者和技能型人才。畢。
培養模式：校企合作辦學班——（藍海酒店集團）。
旅游服務與管理專業
培養方向：培養從事旅游社服務及其他旅游企業服務工作，德智體美全面發展的高素質勞動者和技能型人才。
培養模式：1.職教高考升學班；2.就業班。
康養休閑旅游服務專業
培養方向：培養 能適應康養與休閑旅游產業的結合及其社會化、商業化、產業化的發展，并能組織、策劃、開展、指導康養休閑旅游活動等相關工作的實用復合型專門人才。
培養模式：1.職教高考升學班；2就業班。
舞蹈表演專業
培養方向：本專業培養民族傳統音樂表演、舞蹈表演、歌舞表演人員，以及為高等院校藝術系科培養后備生源
培養模式：1.職教高考升學班；2.校企合作班——濟寧金盛文化傳媒。
綠色勘探技術專業
培養方向：本專業培養能夠從事鐵路、公路、地鐵及城市地下空間開發等勘察的高素質勞動者和技能型人才。
培養模式：1.定向就業——倬方巖土公司；2.在崗學歷提升，彈性學制專本科。
農機設備應用與維修專業
培養方向：培養能從事農業機械的裝配、檢測、使用、維護、營銷、技術服務、農業機械推廣以及設施農業技術應用等工作的高素質勞動者和中等技術技能型人才。
培養模式：1.職教高考升學班；2.就業班。
